в шаблон впишите в индекс или другой файл, в котором подцепляются css и js
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl =JUri::base()?>/templates/media/jui/js/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl =JUri::base()?>/templates/media/jui/js/jquery-noconflict.js"></script>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->baseurl =JUri::base()?>/templates/media/jui/js/jquery-migrate.min.js"></script>